Membre actif de la campagne présidentielle pour le candidat Macron, M. Kohler avait rejoint l'Elysée en mai 2017 après moins de neuf mois passés chez MSC.
Selon Mediapart, le secrétaire général de l'Elysée Alexis Kohler se serait retrouvé dans une situation de conflit d'intérêts à l'époque où il siégeait au conseil de surveillance du port du Havre.
Les accusations initiales de conflit d'intérêts portées par Mediapart contre Alexis Kohler tenaient à sa présence, à partir de 2010, au sein du conseil d'administration de STX (les chantiels navals de Saint-Nazaire), dont MSC était le principal actionnaire, avant qu'il rejoigne l'armateur en août 2016.
Les conditions dans lesquelles Alexis Kohler a exercé des fonctions publiques en France, tout en ayant des liens avec l'armateur italo-suisse Mediterranean Shipping Company (MSC), sont au coeur d'une enquête ouverte début juin par le parquet national financier (PNF). Ces informations semblent indiquer qu'Alexis Kohler et l'Elysée auraient menti dans leur défense, puisqu'il a été affirmé que le haut fonctionnaire avait "toujours informé sa hiérarchie de ses liens familiaux, ainsi que ses collègues de travail qui avaient à connaître cette circonstance".
A l'origine de cette enquête, une plainte de l'association de lutte anticorruption Anticor pour prise illégale d'intérêt et trafic d'influence contre l'actuel bras droit d'Emmanuel Macron qui a notamment représenté à partir de 2010 l'APE auprès des Chantiers de l'Atlantique/STX France, dont MSC est un client.
Aujourd'hui, Alexis Kohler est secrétaire général de l'Elysée, mais entre 2010 et 2012, celui qui est considéré comme le plus proche collaborateur d'Emmanuel Macron, était administrateur au conseil de surveillance du port du Havre.
Le fait de siéger au sein de ces deux conseils liés à l'industrie navigatrice aurait dû conduire Alexis Kohler à se tenir strictement à l'écart des dossiers liés à MSC, entreprise avec laquelle il a des liens familiaux. Lors de ces deux réunions, en septembre 2010 et 2011, Alexis Kohler a pris la parole et voté en faveur de contrats à venir entre le port du Havre et Terminal Normandie MSC (TNMSC), filiale française de l'armateur et acteur majeur de l'extension du port alors en cours, révèlent les documents. Des faits graves, d'autant plus que plusieurs anciens membres de ce conseil de surveillance ignoraient absolument tout du passif d'Alexis Kohler et donc, n'avaient jamais eu vent de ses liens avec MSC. Interrogée par l'AFP, le secrétariat général de la présidence n'a souhaité faire "aucun commentaire" en raison de l'enquête en cours. "M. Kohler ne s'est jamais trouvé ou placé en position décisionnaire ou en situation de faire valoir une opinion personnelle dans les travaux internes et délibérations concernant MSC", avait justifié l'Élysée, fin mai. "Ceci reste effectif pour le présent comme pour l'avenir". Comme le montrait l'enquête, l'actuel secrétaire général de l'Élysée, à ses différents postes, " a été amené à travailler sur ce dossier, à mobiliser des financements ou des crédits exports, à apporter des garanties d'État pour aider la MSC ".
